Bogø Privatskole har et godt og mangeårigt samarbejde med Bogø Kirke. Traditionen tro følger skolens konfirmander konfirmationsforberedelsen hos præsten ved Bogø Kirke.
De fleste elever vælger efterfølgende at blive konfirmeret i Bogø Kirke. Det er dog også muligt at følge konfirmationsforberedelsen på Bogø og derefter blive konfirmeret i sin egen lokale kirke.